FC Krasnodar sở hữu một mạng lưới các học viện bóng đá trẻ trải rộng trên 20 thành phố ở 2 khu vực của Nga - Krasnodar Krai và Adygea.[4] Học viện chính nằm ở phía đông của Krasnodar. Cơ sở hạ tầng của học viện bao gồm 10 sân bóng đá, một sân vận động 3000 chỗ ngồi, một trung tâm phục hồi y tế, một bể bơi, phòng tắm hơi và phòng tập gym. Ngoài ra còn có phòng ăn, văn phòng và phòng khách sạn cho phụ huynh học viên.[5] Chủ sở hữu câu lạc bộ, ông Serge Galitsky đã tuyên bố rằng mục tiêu của ông là xây dựng đội hình FC Krasnodar từ các cầu thủ được đào tạo tại địa phương.[6]